Comparative analysis of skin transcriptome reveals differences of cashmere fineness in different body parts of Inner Mongolia cashmere goats
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: The growth and development of secondary hair follicles primarily determine the economic value of cashmere traits, significantly influencing the quality of cashmere fineness. Previous studies have concentrated on the periodic growth regulation of hair follicles in Inner Mongolia cashmere goats (IMCGs), identifying numerous candidate genes that influence cashmere traits. Research on the factors and regulatory mechanisms affecting cashmere fineness in different body parts is currently limited. METHODS: The differences of cashmere fineness traits among different body parts or ages were determined by multiple comparison analysis testing in analysis of variance. RNA-seq and Gene Ontology (GO) & Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analyses were used to assess the differentially expressed genes (DEGs) across different body parts of IMCGs. The candidate genes were validated using quantitative realtime polymerase chain reaction techniques. RESULTS: Ages and different body parts had significant effects on cashmere diameter of IMCGs (p<0.05). Cashmere diameter was coarsest in the abdomen, but finest in the neck and back. A total of 2,178 DEGs were specifically screened among four body parts based on cashmere diameter. GO and KEGG analyses showed that these DEGs were mainly enriched in signaling pathways related to hair growth, such as MAPK signaling pathway and extracellular matrix-receptor interaction. The expression of MATN2 and CA12 were consistent with the phenotype of cashmere fineness in different body parts. CONCLUSION: The differences of cashmere fineness among different body parts of IMCGs were investigated through transcriptome and phenotype analysis, which provide a basis for understanding molecular regulation of cashmere growth in cashmere goats. ATN2 and CA12 have been validated as regulatory genes influencing the heterogeneity of cashmere fineness in various parts of IMCGs.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».