Coronaviruses in wild rodent and eulipotyphlan small mammals: a review of diversity, ecological implications and surveillance considerations
Notice bibliographique
Résumé
Coronaviruses are abundant and diverse RNA viruses with broad vertebrate host ranges. These viruses include agents of human seasonal respiratory illness, such as human coronaviruses OC43 and HKU1; important pathogens of livestock and domestic animals such as swine acute diarrhoea syndrome coronavirus and feline coronavirus; and human pathogens of epidemic potential such as SARS-CoV, MERS-CoV and SARS-CoV-2. Most coronavirus surveillance has been conducted in bat species. However, small terrestrial mammals such as rodents and eulipotyphlans are important hosts of coronaviruses as well. Although fewer studies of rodent and eulipotyphlan coronaviruses exist compared to those of bats, notable diversity of coronaviruses has been reported in the former. No literature synthesis for this area of research has been completed despite (a) growing evidence for a small mammal origin of certain human coronaviruses and (b) global abundance of small mammal species. In this review, we present an overview of the current state of coronavirus research in wild terrestrial small mammals. We conducted a literature search for studies that investigated coronaviruses infecting rodent and eulipotyphlan hosts, which returned 63 studies published up to and including 2024. We describe trends in coronavirus diversity and surveillance for these studies. To further the examination of the interrelatedness of these viruses, we conducted a phylogenetic analysis of coronavirus whole genomes recovered from rodent and eulipotyphlan hosts. We discuss important facets of terrestrial small mammal coronaviruses, including evolutionary aspects and zoonotic spillover risk. Lastly, we present important recommendations and considerations for further surveillance and viral characterization efforts in this field.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».