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Enregistrement W4412240922 · doi:10.1101/2021.03.22.21253711v1

Genotype-phenotype correlations in SCN8A-related disorders reveal prognostic and therapeutic implications

2021· article· en· W4412240922 sur OpenAlex
Katrine M. Johannesen, Yuanyuan Liu, Mahmoud Koko, Lukas Sonnenberg, Julian Schubert, Christina Fenger, Ahmed Eltokhi, Maert Rannap, Nils A. Koch, Stephan Lauxmann, Josua Kegele, Laura Canafoglia, Silvana Franceschetti, Johannes Rebstock, Pia Zacher, Susanne Ruf, Michael Alber, Katalin Štěrbová, Petra Laššuthová, Markéta Vlčková, Johannes Lemke, Ilona Krey, Constanze Heine, Dagmar Wieczorek, Judith Kroell, Caroline Lund, Karl Martin Klein, PY Billie Au, Jong M. Rho, Alice Ho, Silvia Masnada, Pierangelo Veggiotti, Lucio Giordano, Patrizia Accorsi, Christina Engel Hoei‐Hansen, Federico Zara, Hélène Verhelst, Judith Verhoeven, Bert van der Zwaag, Aster V. E. Harder, Eva H. Brilstra, Manuela Pendziwiat, María Vaccarezza, Ngọc Minh Lê, Jakob Christensen, Mette U Schmidt-Petersen, Sabine Grønborg, S. S. Scherer, Jennifer Howe, Walid Fazeli, Katherine B. Howell, Richard J. Leventer, Chloe Stutterd, Sonja Walsh, Marion Gérard, Bénédicte Gérard, Sara Matricardi, Stefano Sartori, Andrea Berger, Dorota Hoffman‐Zacharska, Massimo Mastrangelo, Francesca Darra, Arve Vøllo, M. Mahdi Motazacker, Phillis Lakeman, Mathilde Nizon, Cornelia Betzler, Cécilia Altuzarra, Roseline Caumes, Agathe Roubertie, Philippe Gélisse, Carla Marini, Renzo Guerrini, Frédéric Bilan, Margarete Koch‐Hogrebe, Shoji Ichikawa, Е. Л. Дадали, Artem Sharkov, Irina Mishina, M. O. Abramov, Ilya Kanivets, С. А. Коростелев, Sergey I. Kutsev, Karen E. Wain, Nancy Eisenhauer, Monisa Wagner, Juliann M. Savatt, Haim Bassan, Artem Borovikov, Marie‐Cécile Nassogne, Anne Destrèe, An‐Sofie Schoonjans, Marije Meuwissen, Marga Buzatu, Anna Jansen, Emmanuel Scalais, Wen‐Hann Tan, Heather E. Olson, Tobias Loddenkemper, Annapurna Poduri, Katherine L. Helbig, Ingo Helbig, Mark P. Fitzgerald, Ethan M. Goldberg, Timo Roser, Tobias Brünger, Patrick May, Dennis Lal, Damien Lederer, Guido Rubboli, Gaëtan Lesca, Ulrike B. S. Hedrich, Jan Benda, Elena Gardella, Holger Lerche

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueKölner Universitäts PublikationsServer (Universität zu Köln) · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCardiomyopathy and Myosin Studies
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of TorontoUniversity of CalgarySickKids FoundationAlberta Children's Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPhenotypeGenotypeGeneticsBiologyMedicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We report detailed functional analyses and genotype-phenotype correlations in 392 individuals carrying disease-causing variants in SCN8A, encoding the voltage-gated Na+ channel Na(v)1.6, with the aim of describing clinical phenotypes related to functional effects. Six different clinical subgroups were identified: Group 1, benign familial infantile epilepsy (n = 15, normal cognition, treatable seizures); Group 2, intermediate epilepsy (n = 33, mild intellectual disability, partially pharmaco-responsive); Group 3, developmental and epileptic encephalopathy (n = 177, severe intellectual disability, majority pharmaco-resistant); Group 4, generalized epilepsy (n = 20, mild to moderate intellectual disability, frequently with absence seizures); Group 5, unclassifiable epilepsy (n = 127); and Group 6, neurodevelopmental disorder without epilepsy (n = 20, mild to moderate intellectual disability). Those in Groups 1-3 presented with focal or multifocal seizures (median age of onset: 4 months) and focal epileptiform discharges, whereas the onset of seizures in patients with generalized epilepsy was later (median: 42 months) with generalized epileptiform discharges. We performed functional studies expressing missense variants in ND7/23 neuroblastoma cells and primary neuronal cultures using recombinant tetrodotoxin-insensitive human Na(v)1.6 channels and whole-cell patch-clamping. Two variants causing developmental and epileptic encephalopathy showed a strong gain-of-function (hyperpolarizing shift of steady-state activation, strongly increased neuronal firing rate) and one variant causing benign familial infantile epilepsy or intermediate epilepsy showed a mild gain-of-function (defective fast inactivation, less increased firing). In contrast, all three variants causing generalized epilepsy induced a loss-of-function (reduced current amplitudes, depolarizing shift of steady-state activation, reduced neuronal firing). Functional effects were known for 170 individuals. All 136 individuals carrying a functionally tested gain-of-function variant had either focal (n = 97, Groups 1-3) or unclassifiable (n = 39) epilepsy, whereas 34 individuals with a loss-of-function variant had either generalized (n = 14), no (n = 11) or unclassifiable (n = 6) epilepsy; only three had developmental and epileptic encephalopathy. Computational modelling in the gain-of-function group revealed a significant correlation between the severity of the electrophysiological and clinical phenotypes. Gain-of-function variant carriers responded significantly better to sodium channel blockers than to other anti-seizure medications, and the same applied for all individuals in Groups 1-3. In conclusion, our data reveal clear genotype-phenotype correlations between age at seizure onset, type of epilepsy and gain- or loss-of-function effects of SCN8A variants. Generalized epilepsy with absence seizures is the main epilepsy phenotype of loss-of-function variant carriers and the extent of the electrophysiological dysfunction of the gain-of-function variants is a main determinant of the severity of the clinical phenotype in focal epilepsies. Our pharmacological data indicate that sodium channel blockers present a treatment option in SCN8A-related focal epilepsy with onset in the first year of life.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,393
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,227
Écart entre enseignants0,214 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle