EPIDEMIOLOGIC INVESTIGATION OF <em>CLOSTRIDIUM DIFFICILE</em> AND <em>CLOSTRIDIUM PERFRINGENS</em> IN HEALTHY HORSES
Notice bibliographique
Résumé
Clostridium difficile and Clostridium perfringens are important causes of equine colitis but can also be found in healthy individuals. Epidemiologic information is restricted to cross-sectional studies of fecal shedding with little information on prevalence in gastrointestinal compartments other than feces and variability in shedding over time. The objectives were to investigate the presence of C. difficile and C. perfringens in healthy horses over time and assess prevalence in different gastrointestinal compartments. Feces were collected monthly from 25 horses for one year. Ingesta were collected from nine GI compartments of a separate group of 15 euthanized horses. Selective enrichment culture was performed, followed by toxin gene detection and ribotyping (C. difficile) and multiplex PCR (C. perfringens). Toxigenic C. difficile was isolated from 15/275 (5.5%) samples from 10/25 (40%) horses over one year. Three horses were positive in consecutive months, but different ribotypes were found in 2/3. Ribotypes included 078 (n=6), 001 (n=5) and an A+B+CDT+ ribotype previously identified as toxinotype IX in this laboratory (n=4). C. perfringens was not recovered despite a detection threshold of 9cfu/g feces. Toxigenic C. difficile was isolated from 14/135 (10.3%) ingesta samples from 8/15 (50.3%) horses, from both the small and large intestine. Multiple compartments were positive in four horses but more than one ribotype was present in all. In 3/8 colonized horses (38%) the rectal sample was negative but a proximal site was positive. Ribotypes included 078 (n=5), 001 (n=4) and three A+B+CDT- ribotypes not previously identified in this laboratory. C. perfringens type A (CPE- and ß2-) was recovered from the colon of 1/15 horses (6.6%). In the longitudinal study only one horse shed the same strain for more than one month, suggesting horses are short-term carriers or that C. difficile spores are passively moving through the intestinal tract. The presence of multiple ribotypes in different gastrointestinal compartments in the same horse further supports transient passage. Agreement between feces and proximal compartments was moderate to good (¿=0.61), suggesting limitations with studies using feces. The predominance of ribotype 078, in contrast to earlier reports, suggests recent emergence in this horse population, similar to reports from humans. The low prevalence of C. perfringens supports results of previous studies that indicate this organism is rare in healthy horses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».