A longitudinal cohort study on the effects of reducing farm-level antimicrobial use on Escherichia coli antimicrobial resistance on dairy farms in Québec, Canada
Notice bibliographique
Résumé
The effects of interventions that restrict antimicrobial use (AMU) in food production animals on antimicrobial resistance (AMR) remain unclear. We have already established a portrait of AMU and AMR on dairy farms in Québec before a regulation, implemented in 2019, that restricts the use of category I antimicrobials in food production animals. In the current study, involving 84 dairy farms in Québec, we assessed the effects of farm-level changes in AMU on farm-level AMR. Using an observational cohort study design, we gathered AMU data through veterinary invoicing software 2 years before and 2 years after the regulation was implemented. We sampled calves' and cows' feces and the manure pit on each farm during the 4 years. We tested the indicator bacterium Escherichia coli for susceptibility to 20 antimicrobials and evaluated putative extended spectrum β-lactamase/AmpC E. coli growth. Overall use of antimicrobials (all antimicrobials and all administration routes combined) significantly decreased after regulation implementation. Specifically, the 2 types of use that were implicated in the decrease were injectable third-generation cephalosporins and intramammary polymyxin B. A farm's probability of experiencing AMR appeared to increase with higher AMU during the same period, specifically when the use of all antimicrobials combined was considered. A farm's pre- versus post-regulation AMU variation (i.e., reduction, increase, stable) had no apparent effect on its post-regulation AMR. In conclusion, regulation and possibly other concomitant factors had a positive influence on the judicious use of critical antimicrobials and AMR. Moreover, a farm's AMR profile was better explained by its current than by its historical AMU management.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».