Manganese-modulated proteome and phosphoproteome dataset in the opportunistic yeast Candida albicans
Notice bibliographique
Résumé
The ability of the opportunistic yeast Candida albicans to acquire and maintain homeostatic levels of manganese (Mn), particularly in the metal-limited host environment, is an important determinant of its fitness. Although significant focus has been given to mechanisms of iron and copper acquisition and their roles in C. albicans fitness, little is known about how this yeast maintains and controls Mn homeostasis. Here, we present a comparative proteomic and phosphoproteomic analysis in C. albicans cells experiencing Mn starvation. Both proteome and phosphoproteome of the C. albicans reference strain SC5314 grown in Mn-deplete medium were compared to those of cells thriving in Mn-replete medium. Samples were collected in three biological replicates at two time-points (5 and 90 min). Mass spectrometry-based proteomics identified approximately 1,500 proteins and over 140 phosphorylated proteins. Proteomic data were analyzed using MaxQuant and Perseus, and all datasets were deposited in the PRIDE repository (accession number PXD064206). Gene ontology analysis was performed to characterize biological processes and signaling pathways affected by Mn availability. This dataset provides a resource for studying Mn homeostasis and regulatory phosphorylation in fungal pathogens. The dataset can be reused for comparative analysis with other fungal species or stress conditions involving transition metal availability.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».