Transcriptome analysis during thermal-induced endogenous mutagenesis in a strict psychrotrophic Aeromonas salmonicida subp. salmonicida strain
Notice bibliographique
Résumé
Aeromonas salmonicida is one of the earliest identified fish pathogens and the causative agent of furunculosis. A. salmonicida can be cultivated at temperatures as high as 30 °C, but at temperatures over 24 °C, insertion sequence (IS) elements cause endogenous mutagenesis. Here, we used a phenotypical and transcriptomics analysis to study the molecular aspects of A. salmonicida endogenous mutagenesis. Endogenous mutagenesis became evident after 12 h post-thermal induction and reached the highest level after 24 h. RNA was extracted from A. salmonicida grown at 15 and 28 °C after 16 h. Differential gene expression analysis showed that 344 differential expressed genes were up-regulated and 364 were down-regulated at 28 °C. Several ISs were upregulated in the chromosome and virulence plasmid. Virulence genes, including the type 3 secretion system, A-layer, and melanin synthesis, were downregulated. Overall, our result indicates that A. salmonicida incubated at 28 °C was under moderate heat stress but under strong stress caused by ISs mutagenesis. These results align with the hypothesis that ISs constrain virulent A. salmonicida to a psychrotrophic lifestyle, potentially transitioning to an attenuated mesophilic lifestyle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».