Applying Field and Genomic Epidemiology Methods to Investigate Transmission Networks of Highly Pathogenic Avian Influenza A (H5N1) in Domestic Poultry in British Columbia, Canada (2022–2023)
Notice bibliographique
Résumé
Highly pathogenic avian influenza (HPAI) virus A (H5N1) was first detected in North America in 2021. Ongoing spillover events from wild to domestic birds and subsequent transmission between domestic birds resulted in Canada's largest recorded epidemic of HPAI. Between December 2021 and April 2024, 422 A (H5N1) outbreaks in domestic birds were confirmed in Canada. Of these, 158 (37%) occurred in British Columbia (BC). This study integrates field and genomic epidemiology (GE) results to investigate the potential for lateral or local spread between infected poultry farms in BC. Five genetically distinct viral clusters were identified during this period. Among the 31 noncommercial premises, 27 (87.1%) were classified as independent introductions, while four premises (12.9%) were attributed to local spread within 10 km of a phylogenetically connected infected premises (IP). No lateral spread events were identified among noncommercial premises. All infected noncommercial premises housed birds with outdoor access, emphasizing their susceptibility to wild bird exposure. Of the 127 infected commercial poultry premises, 21 (16.5%) were classified as independent introductions, 82 (64.6%) as local spread, 18 (14.2%) with potential for lateral spread, five (3.9%) with potential for both local and/or lateral spread, and one (0.8%) for which sequencing was unavailable. Local spread emerged as a prominent feature, with most IP in proximity to one another having genetically similar viruses. Results suggest that proximity (<200 m) to an IP was a more reliable predictor of future infection status than contact with an IP. These findings underscore the critical value of combining field and GE to understand outbreak dynamics comprehensively. This integrative approach improves resource allocation, informs targeted containment strategies, and supports the need for effective biosecurity measures to mitigate future risks, particularly in densely populated poultry production regions. Robust interventions are needed to address both independent introductions and secondary spread pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».