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Enregistrement W4412487441 · doi:10.1242/jeb.250770

The ins and outs of integrative digestive biology

2025· article· en· W4412487441 sur OpenAlexafffund
Carol Bucking, John S. Terblanche, Matthew D. Regan

Notice bibliographique

RevueJournal of Experimental Biology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueDiet and metabolism studies
Établissements canadiensUniversité de MontréalUniversité du Québec à MontréalYork University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésBiologyExpansiveEcologyMicrobiomeSystems biologyComputational biologyBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The digestive system facilitates exchanges between animals and their environments. It not only converts resources into energy and growth but also shapes ecosystem processes through waste outputs, all while mediating an animal's relationship with complex microbial communities. The Special Issue: The Integrative Biology of the Gut delves into many aspects of this expansive relationship. Further, this Commentary collects the special issue papers under themes to highlight and explore the physiology of the digestive system and the plasticity that enables its acclimatization to dietary and environmental changes. The themes that have been identified portray the gastrointestinal (GI) tract as an integrative moderator of physiology, and show that when this system is explored using novel techniques or by asking innovative questions, one can reveal phenomena with applications well beyond digestive biology. Further, we discuss how embracing multidisciplinary approaches - including systems biology, evolutionary comparisons and environmental considerations - will allow us to use the unique physiology of the GI tract to form critical insights into evolved organismal biology, microbial symbioses and ecological stewardship. Ultimately, the pivotal role of the GI tract in connecting internal physiology with external ecological dynamics across taxa exemplifies its value as a model system.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,011
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,045

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,011
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0020,021
Communication savante0,0060,009
Science ouverte0,0020,004
Intégrité de la recherche0,0060,011
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,358
Écart entre enseignants0,341 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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