Conversion of a telomere resolvase into a Cre-like site-specific recombinase
Notice bibliographique
Résumé
Hairpin telomere resolvases are a unique family of enzymes involved in producing the hairpin (hp) telomeres of bacterial organisms and phages that possess linear DNA's terminated by hp telomeres. The hp telomeres help to overcome the end-replication problem faced by linear DNAs and are generated from replicated intermediates of the linear DNAs. The telomere resolvases employ a reaction mechanism and catalytic domain related to that of the type IB topoisomerases and tyrosine recombinases. ResT, the telomere resolvase from Borrelia burgdorferi, under certain reaction conditions, has been shown to promote site-specific recombination between replicated telomere junctions (rTels) to produce a Holliday junction intermediate in a reaction strikingly similar to that promoted by tyrosine recombinases. TelA, the telomere resolvase of Agrobacterium tumefaciens, has been shown to be autoinhibited in such a manner as to forbid recombination between rTels. Relief of such autoinhibition reveals a weak, cryptic recombination activity in TelA. In the present study we characterize a catalytic domain aspartic acid residue mutation (D398A) that produces an enzyme with compromised telomere resolution activity but a massively stimulated ability to promote recombination between replicated telomere junctions to produce both the Holliday junction intermediate and full recombinant products of site-specific recombination between rTels. We also report that combination of the D398A mutation with previously characterized hyperactivating mutations in TelA produced a complete conversion of a telomere resolvase into a site-specific recombinase. The possible utility of this conversion is explored.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».