Telomere-to-telomere assembly detects genomic diversity in Canadian strains of <i>Borrelia burgdorferi</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Borrelia burgdorferi, the bacteria causing Lyme disease, has a complex genome comprising a linear chromosome and a combination of linear and circular plasmids. The atypical hairpin structure at the telomere of linear replicons and the highly paralogous plasmids make the genome assembly challenging. We developed a genome assembly pipeline using Oxford Nanopore Technologies (ONT) long read and Illumina short read to overcome these challenges. Using ONT reads enabled us to completely assemble the hairpin telomeres of the linear replicons along with a novel lp28 subtype plasmid and the complete circular plasmids of nine B. burgdorferi strains from five geographical regions in Canada. Although these strains are highly similar across the conserved genomic regions, variability was observed predominantly at the right telomeric ends. Comparative analyses revealed that all nine strains carry a ∼2-10 kb right telomeric end identical to the linear plasmid lp28-1, which leads to variability in the telomere length and the gene content. Additionally, we observed diversity at the hairpin telomeric sequences of the linear chromosomes. Further analysis showed that the nine strains belong to seven ospC types and have diverse plasmid profile, highlighting the genomic diversity among the strains from the same geographical locations. Overall, these findings suggest that even the B. burgdorferi strains from close geographical locations can carry substantial genomic variation, especially at the telomeres and with respect to their plasmid content, emphasizing it to be a possible mechanism of rapid evolution within these Canadian strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».