The effectivity of rbcL marker to identify invasive alien plant species
Notice bibliographique
Résumé
Identifying and managing pathways for the introduction of alien species is one of the Kunming-Montreal Global Biodiversity Framework targets. The alternative approach to identifying the invasive alien plant species (IAPS) can be conducted using the DNA barcoding method. However, not all markers are effective in identifying the specific species. Hence, finding the right and effective marker to identify the specific species for correct identification is critical. This study examined the effectivity of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcL) marker to identify IAPS. Several primer sequences of rbcL were retrieved from the literature and then analyzed in silico by aligning the primer to the whole chloroplast DNA sequence of the target species. A selected pair of primer sequences was then employed as a marker to identify five IAPS. The sequencing results were aligned to the reference database obtained from NCBI by using BLAST. The results showed that all the species were success to be amplified using rbcL gene. The sequence results showed the query cover and per identity 99-100% of the target species. This result suggests that rbcL markers could precisely identify the IAPS target. Therefore, further research on protocol development and extensive use of DNA barcoding in IAPS identification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».