Anoxia-responsive microRNA profile of freshwater turtle red skeletal muscle
Notice bibliographique
Résumé
The red-eared slider ( Trachemys scripta elegans ) is a uniquely impressive vertebrate facultative anaerobe, capable of 18 weeks without oxygen at 3 °C. Metabolic rate depression (∼85 %) is the core feature of anaerobiosis and is characterized by the suppression of costly processes like protein synthesis/decay and the cell cycle. The elucidation of microRNA (miRNA) action in support of animal extreme stress adaptation is increasing, but is currently lacking in T.s. elegans anoxia tolerance. Here, we use small RNA sequencing and subsequent bioinformatic analyses to identify differentially expressed miRNA and predicted target pathways in 20 h anoxic red skeletal muscle of red-eared slider turtles. Of the 52 mapped miRNA species, we identify two that were upregulated (miR-2114-5p, let-7f-5p) and two that were downregulated (miR-1260b, miR-5100) under 20 h anoxic conditions (|FC| > 1.5; p < 0.05). KEGG and GO analysis predict miRNA contribute to the aerobic to anaerobic respiration shift and outline miRNA-mediated inhibition of numerous gene sets in (1) protein turnover, (2) RNA turnover and (3) the cell cycle. Conversely, alleviated miRNA interference in branched amino acid biosynthesis, arachidonic acid and linolenic acid metabolism suggest a role in atrophy resistance of skeletal muscles.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».