Exploring splice variants in milk leukocytes of dairy cows with subclinical intramammary infection due to Prototheca spp. and Streptococcus agalactiae
Notice bibliographique
Résumé
Alternative splicing events lead to different mRNA isoforms, potentially translated into proteins with altered structures or impaired functions, or both. This phenomenon may influence the resistance or susceptibility to diseases, such as mastitis. To explore this aspect, this study aims to analyze transcript expression, focusing on cases where multiple mRNA isoforms are present, in milk somatic cells from Holstein cattle affected by subclinical intramammary infection caused by Prototheca spp. (P+, n = 11) or Streptococcus agalactiae (Sa+, n = 11), compared with uninfected animals (Neg, n = 9). The RNA-sequencing data were analyzed using the CLC Genomics Workbench (23.0.5, Qiagen) with a large gap read mapping approach and Bos taurus ARS-UCD1.3 reference genome to identify the differentially expressed transcripts (DET) among the groups. In addition, a functional analysis of the identified DET, combined with the identification of functional variants within the expressed regions, was performed. The comparison P+ versus Neg revealed 27 annotated DET, 11 annotated DET with novel length, and 7 novel DET with no previously annotated associated gene or length. These DET mainly originated from immune-related genes involved in pathways strictly linked to the immune and inflammatory responses (i.e., antigen presentation pathway, MHC class II antigen presentation pathway, macrophage classical activation signaling pathway). In contrast, the Sa+ versus Neg comparison revealed a total of 26 DET, including 17 annotated transcripts, 8 annotated transcripts with a novel length, and 1 novel transcript from a nonannotated gene. In this case, a predominance of enriched pathways related to metabolism and detoxification processes was observed (i.e., FXR/RXR activation, xenobiotic metabolism general signaling pathway, glutathione-mediated detoxification). Functional variants were identified in regions overlapping DET encoded by KRT78, CSN1S1, and MYBPC1, which were downregulated in P+ when compared with Neg group and potentially related to mastitis resistance/susceptibility traits. The transcripts and associated functional variants identified in this study may contribute to a better understanding of bovine mastitis pathogenesis and development, providing useful insights for improving animal health and management strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».