‘What’s in a name? Fit-for-purpose bacterial nomenclature’: meeting report
Notice bibliographique
Résumé
Rapid and economical DNA sequencing has resulted in a revolution in phylogenomics. The impact of changes in nomenclature can be perceived as an absolute necessity of scientific rigour, coupled with the slight inconvenience of needing to re-learn names. In relation to practical aspects of microbiology, for example, infectious disease diagnosis, there may, however, be potential dangers. Historically, prokaryote classification has been based on multiple metabolic, physiological, biochemical and descriptive characteristics combined with the environmental source. Whole-genome sequence data have transformed our ability to determine evolutionary relationships. In addition, metagenomic and metataxonomic sequencing have resulted in the discovery of novel microbes, many of which are yet to be cultured. As a result, occasional name changes and additional prokaryote discoveries have accelerated at an unprecedented pace. Herein is a report of a Microbiology Society supported meeting of representatives of the communities of specialist taxonomists, phylogeneticists and applied microbiologists. Discussion included: recent advances in phylogenomics and the potential impact of nomenclature change on practical microbiology, e.g. plant pathology, food security, industrial microbiology, clinical microbiology and infectious diseases; the need, or lack thereof, for wider consideration and consultation prior to nomenclature change proposals which impact on practical microbiology; the application of the intricate and highly necessary rules of prokaryote nomenclature, which sometimes appear unfathomable to the non-specialist; and genome-based phylogenomics and the relationship with the International Code of Nomenclature of Prokaryotes. The meeting resulted in the formation of the Ad Hoc Committee for Mitigating Changes in Prokaryotic Nomenclature under the auspices of the International Committee on Systematics for Prokaryotes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,006 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,009 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,019 | 0,018 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».