Eco-evolutionary robustness of wild bacterial communities to experimental perturbation
Notice bibliographique
Résumé
Most knowledge about bacterial evolution and ecological interactions comes from laboratory studies. One difference between the wild and most laboratory experiments is the diversity of bacterial taxa present. Understanding how wild bacteria respond to perturbation therefore requires consideration of how ecological sorting, colonization, and genetic changes of constituent species interact. Ecological sorting of species might reduce evolutionary rates and make communities robust to disturbance, or it could amplify selection pressures and lead to unstable co-evolutionary cascades. Even estimates of basic rates of ecological sorting, dispersal, and genetic change are rare. Here, we addressed these knowledge gaps by liming wild decomposer communities living in beech tree holes and tracking ecological and evolutionary responses for 12 weeks. Overall, tree hole communities were extremely robust to liming involving short-term pulses up to 4 pH units and long-term increases up to 2 pH units. Species diversity and composition displayed significant but small changes in treatment tree holes compared to control ones. New bacterial taxa colonized at a low rate that did not vary with liming. Genetic changes in the frequency of single nucleotide polymorphisms in metagenome assembled genomes occurred at rates that were both comparable to and correlated with ecological changes in the same metagenome assembled genomes, but the rate of genetic changes did not vary between limed and control tree holes. Analysis of rates of genetic change estimated low effective population size (~104) and generation times of roughly 1 day. Our study provides estimates of rates of ecological and evolutionary processes in wild bacterial communities, which displayed remarkable robustness to our experimental perturbation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».