LncRNA NRAD1 regulates the triple-negative breast cancer transcriptome by miRNA biogenesis, localization, and predominately non-ceRNA interactions
Notice bibliographique
Résumé
Breast cancer is a leading cause of cancer mortality in women with triple-negative breast cancer (TNBC) presenting greater treatment challenges due to its aggressive disease progression. Understanding TNBC's unique cell signaling and gene expression profiles will reveal novel therapeutic strategies. Non-coding RNAs, including microRNAs (miRNAs) and long non-coding RNAs (lncRNAs), have emerged as key regulators of gene expression and potential therapeutic targets. This study focuses on a TNBC-enriched lncRNA, non-coding RNA in the aldehyde dehydrogenase 1A pathway (NRAD1, previously LINC00284), which promotes progression in multiple cancers. Our analysis reveals that NRAD1 is central to miRNA-mRNA networks in TNBC cells, mediating cancer-promoting gene expression changes. Fractionation studies showed that NRAD1 is primarily located in the nucleus and mitochondria, with some cytoplasmic presence allowing for transcript-specific competitive endogenous RNA (ceRNA) interactions with miRNAs. However, NRAD1 primarily effects miRNAs independently of ceRNA activity, instead upregulating DICER (a miRNA biogenesis protein), altering sub-cellular distribution, and reducing biogenesis of mitochondria-localized miRNA (i.e., miR-4485-3p). These findings demonstrate novel regulatory interactions between the cancer-promoting lncRNA NRAD1 and miRNAs that alter gene expression in TNBC, expanding our understanding of regulatory lncRNA-miRNA effects, TNBC biology, and highlighting future therapeutic strategies for targeting non-coding RNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».