Structural investigations connect the disordered N‐terminal extension of <scp>HypB</scp> to the activities of <scp>HypB</scp> and <scp>SlyD</scp> in <i>E. coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
The activities of [NiFe]-hydrogenase enzymes, which are critical to many microbes, require insertion of a Ni(II) ion into the bimetallic catalytic center. Delivery of Ni(II) to [NiFe]-hydrogenases depends, in part, on the metallochaperone HypB, which lies at the center of a Ni(II) transfer pathway that includes the metal storage protein SlyD and the metallochaperone HypA. SlyD is a source of Ni(II) ions for HypB, whereas Ni(II) from HypB is transferred to HypA. In this work, we examine how the intrinsically disordered N-terminal extension (NTE) of HypB modulates the action of the HypB GTPase domain (G-domain). The NTE contains a high-affinity Ni(II) binding site, while the G-domain contains a lower affinity Ni(II) binding site that is affected by binding of guanine nucleotides. The HypB G-domain is also affected by SlyD and provides Ni(II) to HypA. Our NMR data show that, although disordered, the HypB NTE possesses residual structure and makes transient interactions with the HypB G-domain and with SlyD. A set of common residues in the center of the NTE are affected by SlyD and G-domain binding, and also by binding of Ni(II) to the high-affinity site located at the N terminus of the protein. The NTE interacts with residues in or near the Ni(II)- and GDP-binding sites in the G-domain, which are also affected when SlyD binds the NTE. Thus, the data showcase a complex interaction network between HypB and SlyD, and provide molecular details regarding how the HypB NTE links the activities of the HypB G-domain and SlyD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».