Biogeography of soda lake microbiome and uneven cross-continent transition rates
Notice bibliographique
Résumé
Microbial dark matter in soda lakes has been increasingly illuminated, however, much remains unknown about microbial biogeography at the global scale and underlying mechanisms. To study microbial biogeography and dispersal patterns, we analyzed 51 soda lake metagenomes collected from key global regions, including 37 from the Kulunda Steppe in South Siberia, Mongolia, and the Cariboo Plateau in Canada, as well as 14 newly sequenced samples from the East African Rift Valley. We found that there were 575 widespread taxa such as the dominant archaeal Haloarchaeota and actinobacterial Nitriliruptor persistently inhabiting global soda lakes. We further identified 1,217 region-specific taxa, with Africa containing the highest proportion of geographical endemism (66.72%). Such effects of dispersal limitation on microbial assembly of global soda lakes were supported by the significant distance-decay relationships for taxonomic and functional composition, and genomic similarity. For example, microbial genomic divergence was closely associated with their geographical distance, showing that both inter- and intraspecies genome similarities decayed with distance. This concurs with the uneven dispersal history among continental microbiomes, indicated by the at least one order of magnitude lower transition rates between Africa and other continents than between Asia and North America. Our results revealed that the global biogeography of soda lake microbial communities across three continents and their distinct transition history between continents. These findings highlight the critical role of microbial evolutionary history associated with dispersal limitation in shaping their geographical distribution in extreme environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».