Identification of genetic and non-genetic modifiers of genomic imprinting through screening of imprinted DMR methylation in humans
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Genomic imprinting is required for normal development, and abnormal methylation of differentially methylated regions (iDMRs) controlling the parent of origin-dependent expression of the imprinted genes has been found in congenital disorders affecting growth, metabolism, neurobehavior, and in cancer. In most of these cases the cause of the imprinting abnormalities is unknown. Also, these studies have generally been performed on a limited number of CpGs, and a systematic investigation of iDMR methylation in the general population is lacking. RESULTS: By analysing a vast number of either in-house generated or online available whole-genome methylation array datasets of unaffected individuals, and patients with complex and rare disorders, we determined the most common iDMR methylation profiles in a large population and identified many genetic and non-genetic factors contributing to their variability in blood DNA. We found that methylation variability was not homogeneous within the iDMRs and that the CpGs closer to the ZFP57 binding sites are less susceptible to methylation changes. We demonstrated the methylation polymorphism of three iDMRs and the atypical behaviour of several others, and reported the association of 25 disease- and 47 non-disease-complex traits as well as 15 Mendelian and chromosomal disorders with iDMR methylation changes. The most significantly associated complex traits included ageing, intracytoplasmic sperm injection, African versus European ancestry, female sex, pre- and postnatal exposure to pollutants and blood cell type compositions, while the associated genetic diseases included Down syndrome and the developmental disorders with molecular defects in the DNA methyltransferases DNMT1 and DNMT3B, H3K36 methyltransferase SETD2, chromatin remodelers SRCAP and SMARCA4 and transcription factor ADNP. CONCLUSIONS: These findings identify several genetic and non-genetic factors including new genes associated with genomic imprinting maintenance in humans, which may have a role in the aetiology of the diseases with imprinting abnormalities and have clear implications in molecular diagnostics.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle