SARS-CoV-2 Nsp2 recruits GIGYF2 near viral replication sites and supports viral protein production
Notice bibliographique
Résumé
The SARS-CoV-2 genome encodes 16 nonstructural proteins (Nsps), with Nsp2 being the least conserved and understood. This study highlights a crucial role for Nsp2 in the early phase of the viral life cycle, particularly its interaction with GIGYF2, which relocates near double-membrane vesicles (DMVs) and enhances viral protein production. Deletion of the Nsp2-coding region from the viral genome led to a drastic reduction in viral RNA synthesis early in infection (3-4 h after infection). Interactome analysis in virus-infected cells identified GIGYF2, a host-encoded translational regulation protein, as a key Nsp2 partner. This interaction was confirmed for both SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2. Depletion of GIGYF2 or its cofactor ZNF598 phenocopied the replication defects observed with Nsp2 deletion, suggesting their critical roles in viral reproduction. Upon infection, GIGYF2 and ZNF598 relocate to areas near DMVs, viral replication sites. This relocation does not occur with the Nsp2-deleted virus, indicating Nsp2's role in directing GIGYF2 to DMVs. Formaldehyde crosslinking and immunoprecipitation sequencing (fCLIP-seq) identified regions within viral RNAs that potentially interact with GIGYF2, including those encoding M and Orf6. Depletion of GIGYF2 resulted in decreased protein expression of M and Orf6. Our findings reveal the function of Nsp2 in supporting viral protein production by exploiting GIGYF2 as a host factor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».