Single cell transcriptomics and development of gametocyte-specific molecular markers for avian malaria parasites
Notice bibliographique
Résumé
Avian malaria, caused by Plasmodium parasites, poses a significant threat to bird populations worldwide, particularly in vulnerable island ecosystems. Yet, progress in understanding avian malaria transmission dynamics has been hampered by the lack of molecular tools to quantify and sex the transmissible stages of the parasite: the male and female gametocytes. This challenge is compounded by the nucleated erythrocytes of avian hosts and the absence of an in vitro culture system, which have historically hindered the advancement of molecular approaches. Here, we develop and validate the first molecular markers to discriminate between asexual, male and female gametocytes in the widespread avian malaria parasite Plasmodium relictum. Using single-cell RNA sequencing and orthology-guided stage mapping, we identified conserved, stage-specific transcripts and leveraged this information to develop molecular markers capable of quantifying and distinguishing male and female gametocytes in two parasite cyt-b lineages, pSGS1 and pDELURB4. These markers outperformed microscopy in sensitivity, detected gametocytes earlier and for longer and revealed consistently higher male-to-female gametocyte ratios than estimated by blood smears. The high degree of conservation of these markers across Plasmodium species suggests broad applicability of these markers to other avian lineages.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».