Rapid detection of <scp><i>Hymenoscyphus fraxineus</i></scp> using genome‐specific primers based on loop‐mediated isothermal amplification assay
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Ash dieback, caused by Hymenoscyphus fraxineus (T. Kowalski) Baral, Queloz & Hosoya, is a serious fungal disease affecting Common ash (Fraxinus excelsior) populations across Europe and posing a global risk to ash trees worldwide. Traditional polymerase chain reaction (PCR)-based detection methods often target conserved gene regions, limiting the development of species-specific probes. However, the increasing availability of whole-genome sequences for H. fraxineus and its close relatives enables the identification of unique genes or genomic regions. RESULTS: This study utilized such genomic data to develop a sensitive, species-specific loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for detecting H. fraxineus in Fraxinus mandshurica samples. The LAMP assay demonstrated a sensitivity of 2.53 fg/μL and proved effective in early detection of the pathogen. CONCLUSION: Altogether the developed LAMP detection method could be quite useful for further studies on the characteristics of the life cycle and colonization process of H. fraxineus in Asian ash host species. © 2025 Society of Chemical Industry.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».