Genetic testing for diagnosing neurodevelopmental disorders and epilepsy: a systematic review and meta-analysis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Identifying the genetic causes of neurodevelopmental disorders (NDDs) and epilepsy is crucial for effective treatment and genetic counseling. Our objective was to determine the diagnostic yield of chromosomal microarray (CMA) and next-generation sequencing (NGS) methods-including targeted sequencing (TS), whole-exome sequencing (WES), and whole-genome sequencing (WGS)-in individuals with NDDs or epilepsy. METHODS: We systematically searched PubMed, Embase, and the Cochrane Library through August 31, 2024. Two reviewers independently screened studies and extracted data. We included studies with ≥ 10 patients (probands) diagnosed with an NDD or epilepsy who underwent CMA, TS, WES, WGS, or WES reanalysis. Methodological quality was assessed using the Newcastle-Ottawa Scale (NOS). Random-effects meta-analysis was performed to pool diagnostic yield percentages. Subgroup analyses were conducted by test modality, disorder subtype, and clinical features. RESULTS: A total of 416 studies (124,937 participants) met inclusion criteria. Pooled analysis showed significantly higher diagnostic yields with NGS methods compared to CMA (31.1% vs 14.8% in NDD cohorts; 28.7% vs 13.3% in epilepsy cohorts). Within NGS, WES had a higher yield than targeted gene panels (35.3% vs. 23.2% for NDDs; 34.2% vs. 24.0% for epilepsy). Diagnostic yields increased over time in more recent studies. Patients with certain clinical features had particularly high yields: NDDs with dysmorphic features (54.7%), syndromic presentations (37.6%), or co-occurring epilepsy (35.6%), and epilepsy with early onset (32.3%), epileptic encephalopathy (34.7%), or drug-resistant seizures (25.4%). Quality assessment using NOS revealed that the majority of included studies were of good to very good methodological quality. CONCLUSIONS: Despite substantial between-study heterogeneity and variability in study designs that may limit the certainty of our pooled estimates, and potential publication bias, our results demonstrate that NGS-based tests-particularly WES and WGS-provide markedly higher diagnostic yields in patients with NDDs or epilepsy compared to CMA, supporting their use as first-line genetic tests. Patients with dysmorphism, syndromic NDD, early-onset or refractory epilepsy, and epileptic encephalopathy achieve above-average diagnostic yields, highlighting the value of comprehensive genetic testing in these subgroups. SYSTEMATIC REVIEW REGISTRATION: PROSPERO CRD42024555664.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,044 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,015 | 0,028 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».