Metabolomics analysis of SNAT2-deficient cells: Implications for the discovery of selective small-molecule inhibitors of an amino acid transporter
Notice bibliographique
Résumé
Amino acid uptake by the solute carrier family of transporter proteins is critical to support cell metabolism, and inhibition of transporter activity represents a tractable strategy to restrict nutrient availability to cancer cells. A small-molecule inhibitor of the sodium-coupled neutral amino acid transporter 2 (SNAT2), 3-(N-methyl(4-methylphenyl)sulfonamido)-N-(2-trifluoromethylbenzyl)thiophene-2-carboxamide (MMTC/57E), was recently identified and shown to inhibit cell proliferation when combined with glucose transport inhibitors in breast and pancreatic cancer cell lines. In this study, we use mass spectrometry and a model competitive substrate inhibitor, α-(methylamino)-isobutyric acid (MeAIB), to establish cell-based SNAT2 activity assays and validate target engagement of MMTC/57E. We show that cellular uptake of MeAIB is dependent on SNAT2 or the closely related SNAT1 and is inhibited by the endogenous substrate l-alanine in a dose-dependent manner. We show that SNAT2-KO cells or cells treated with MeAIB exhibit a similar metabolomic signature associated with defects in amino acid availability and other metabolites. Applying these assays, we fail to observe that MMTC/57E inhibits SNAT2 activity. MMTC/57E exhibits poor aqueous solubility that hinders its use as a tool SNAT2 inhibitor. Our results highlight the challenges associated with identifying and validating transporter inhibitors and report robust assays that may be used to identify and evaluate SNAT2 inhibitors in the future.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».