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Enregistrement W4412727004 · doi:10.1021/acs.jcim.5c01063

Recent Developments in Amber Biomolecular Simulations

2025· article· en· W4412727004 sur OpenAlex
David A. Case, David S. Cerutti, Vinícius Wilian D. Cruzeiro, Thomas A. Darden, Robert E. Duke, Mahdieh Ghazimirsaeed, George M. Giambaşu, Timothy J. Giese, Andreas Goetz, Robert C. Harris, Koushik Kasavajhala, Tai‐Sung Lee, Zhen Li, Charles Y. Lin, Jian Liu, Yinglong Miao, Romelia Salomon-Ferrrer, Jana Shen, Ryan Snyder, Jason Swails, Ross C. Walker, Jinan Wang, Xiongwu Wu, Jinzhe Zeng, Thomas E. Cheatham, Daniel R. Roe, Adrián E. Roitberg, Carlos Simmerling, Darrin M. York, Maria C. Nagan, Kenneth M. Merz

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueJournal of Chemical Information and Modeling · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Structure and Dynamics
Établissements canadiensAdvanced Micro Devices (Canada)
Organismes subventionnairesDivision of ChemistryOffice of Advanced CyberinfrastructureNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute of General Medical SciencesNational Science Fund for Distinguished Young ScholarsNational Institutes of HealthAdvanced Micro DevicesIntel Corporation
Mots-clésReplicaComputer scienceGraphicsSoftwareGraphics processing unitComputational scienceInterface (matter)Software packageMessage Passing InterfaceMolecular dynamicsParallel computingComputer graphics (images)Message passingOperating systemChemistryComputational chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide Amber is a molecular dynamics (MD) software package first conceived by Peter Kollman, his lab and collaborators to simulate biomolecular systems. The pmemd module is available as a serial version for central processing units (CPUs), NVIDIA and Advanced Micro Devices (AMD) graphics processing unit (GPU) versions as well as Message Passing Interface (MPI) parallel versions. Advanced capabilities include thermodynamic integration, replica exchange MD and accelerated MD methods. A brief update to the software and recently added capabilities is described in this Application Note.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,413
Score d'incertitude au seuil0,167

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,275
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle