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Enregistrement W4412780604 · doi:10.3389/fsci.2025.1575468

Harnessing agri-food system microbiomes for sustainability and human health

2025· article· en· W4412780604 sur OpenAlexaff
Paula Fernández-Gómez, Dara Leong, Gabriele Berg, Fiona Brennan, Tancredi Caruso, Trevor C. Charles, Luca Cocolin, Lene Lange, Olivia McAuliffe, Emmanuelle Maguin, Órla O’Sullivan, Yolanda Sanz, Inga Sarand, Angela Sessitsch, Hauke Smidt, Nicholas J. B. Brereton, Marco Candela, John Kenny, Tanja Kostić, Jennifer Mahony, Martin Wagner, Paul D. Cotter

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Science · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueProbiotics and Fermented Foods
Établissements canadiensUniversity of Waterloo
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMicrobiomeSustainabilityFood systemsHuman healthEnvironmental resource managementBusinessEnvironmental planningGeographyFood securityBiologyEnvironmental healthEnvironmental scienceEcologyMedicineAgricultureBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Food system microbiomes include complex microbial networks that range from soil and marine environments to primary agriculture, farming, food processing, and distribution, and which influence human and environmental health. Advances in “omics” technologies, such as metagenomics, metatranscriptomics, metaproteomics, metabolomics, and culturomics, and their integration have deepened our understanding of microbiome dynamics and interactions. This growing knowledge is being leveraged to develop microbiome-based solutions enabling more sustainable food systems. This review explores microbiome interconnections along the food system and how this and other knowledge relating to microbiomes can be harnessed to, among other things, enhance crop resilience and productivity, improve animal health and performance, refine management practices in fishing and aquaculture, or prolong shelf life and reduce food spoilage during distribution. The often-overlooked role of bacteriophages on shaping microbiomes is discussed, as is the impact of diet on the human gut microbiota and, in turn, health. Despite advances, knowledge remains incomplete in particular areas and targeted experimental approaches are necessary to fill these gaps—going beyond merely predicting microbiome functionality. Ultimately, the ideal development of microbiome-based innovations in food systems will require collaboration between stakeholders and regulators to ensure safety, efficacy, and widespread adoption, unlocking its full potential to improve the health of animals, humans and the environment globally.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0000,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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