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Enregistrement W4412792039 · doi:10.1101/2025.07.28.667104

Sp100-HMG drives ‘inside-out’ PML-NB assembly to modulate transcription and cell-cycle dynamics

2025· preprint· en· W4412792039 sur OpenAlexaff
Yilei Ma, Chaoyi Chen, Jialing Li, Xiuyan Guo, Xiaoli Zhang, Pei Xu

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesShenzhen Science and Technology Innovation ProgramNational Key Research and Development Program of ChinaSanming Project of Medicine in ShenzhenNational Natural Science Foundation of ChinaNatural Science Foundation of Shenzhen City
Mots-clésPromyelocytic leukemia proteinBiologySUMO proteinCell biologyDeath-associated protein 6BiogenesisNuclear proteinGeneticsTranscription factorUbiquitinGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Promyelocytic leukemia nuclear bodies (PML NBs) are membraneless organelles (0.1-1 μ m) integral to fundamental cellular processes, yet the molecular logic governing their hierarchical organization is unclear. Contrary to the classical "PML-sole-scaffold" model, we identify Sp100-HMG as the unique isoform that autonomously nucleates into liquid-like condensates. Our findings establish an "inside-out" assembly paradigm, where Sp100-HMG initiates a liquid core that recruits PML and other client proteins (DAXX, ATRX) through three distinct cooperative processes: I. Multimerization domain- and intrinsically disordered region (IDR)-mediated LLPS of Sp100-HMG, nucleating the core; II. C-terminal-dependent protein-protein interactions enriching client components; and III. SUMOylation-directed PML recruitment, facilitating the formation of a stabilizing peripheral shell. This assembly paradigm extends beyond Sp100-HMG, as evidenced by ZBTB16—a PML NB-associated oncoprotein implicated in acute promyelocytic leukemia — adopting an analogous mechanism to organize PML-positive condensates. Using HEp-2 cells as a main model, we show this hierarchical assembly is critical for orchestrating transcriptional programs and cell-cycle dynamics. Together, our study defines a new biogenesis mode for PML-NBs, where a master liquid nucleator coordinates shell integrity and plasticity for nuclear homeostasis. Significance Statement PML nuclear bodies (PML NBs) serve as essential organizers of the cell nucleus, yet the assembly principles underlying their biogenesis and linking it to functional heterogeneity, spatial positioning, and compositional diversity remain elusive. This study overturns the long-standing "PML-centric" view by establishing an LLPS-driven, hierarchical "inside-out" assembly paradigm. We identify Sp100-HMG as a master liquid nucleator that initiates a core to organize the outer PML shell. This inner-core LLPS-driven assembly logic is shared by other PML NB-associated factors, such as the oncoprotein ZBTB16, providing a unified biophysical framework to explain the structural integrity and plasticity of nuclear condensates. Functionally, this organizational process is critical for shaping the compositional diversity and spatial specificity of PML bodies, thereby modulating transcriptional programs and cell-cycle dynamics in a context-dependent manner. These findings offer broad insights into how organized protein condensation sustains nuclear homeostasis and its dysfunction in diseases such as leukemia.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
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