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Enregistrement W4412795152 · doi:10.1038/s41575-025-01100-9

Credible inferences in microbiome research: ensuring rigour, reproducibility and relevance in the era of AI

2025· review· en· W4412795152 sur OpenAlexaff
Alberto Caminero, Carolina Tropini, Mireia Valles‐Colomer, Dennis Shung, Sean M. Gibbons, Michael G. Surette, Harry Sokol, Nicholas J. Tomeo, Theresa Alenghat, Muyiwa Awoniyi, Sara C. Di Rienzi, Ari Grinspan, Diane E. Hoffmann, Lori R. Holtz, Aaron L. Hecht, Purna Kashyup, Rohit Loomba, Ryan T. Ranallo, Alejandro Reyes Muñoz, Mark Pimentel, Long Hoang Nguyen, Michelle Clark, Phillip I. Tarr, Elena F. Verdú

Notice bibliographique

RevueNature Reviews Gastroenterology & Hepatology · 2025
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensCanadian Institute for Advanced ResearchMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésRigourRelevance (law)MedicineMicrobiomeReproducibilityMEDLINEEngineering ethicsData scienceBioinformaticsEpistemologyComputer scienceBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,044
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,106
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,956
Score d'incertitude au seuil0,233

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0440,106
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0050,001
Bibliométrie0,0050,004
Études des sciences et des technologies0,0010,008
Communication savante0,0060,010
Science ouverte0,0040,005
Intégrité de la recherche0,0070,010
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,058
Tête enseignante GPT0,421
Écart entre enseignants0,363 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
DomaineReproductibilité
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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