Nuclear RNA cap-chaperones eIF4E and NCBP2 govern distinct fates for 1000s of mRNAs uncovering an unexpected regulatory point in gene expression
Notice bibliographique
Résumé
G) "cap" on the 5'end of mRNAs which is bound by the nuclear cap-binding protein NCBP2 with its cofactor NCBP1. The NCBP1/2 complex chaperones capped mRNA through these processing steps. NCBP2 is considered the sole nuclear cap-binding factor and thus its cap-chaperone role is thought to be a constitutive, housekeeping activity. However, another cap-binding protein, the eukaryotic translation initiation factor eIF4E, is also found in the nucleus. Two cap-binding factors co-existing in the nucleus intimate an undiscovered regulatory point in gene expression or, alternatively, redundancy to ensure gene expression fidelity. Consistent with the former possibility, eIF4E and NCBP2 drove distinct gene expression, transcriptomic, and splicing signatures impacting ~2500 transcripts involved in distinct biological programmes with only ~360 transcripts in common and of these only 79 common splicing events. Thus, each cap-chaperone designates distinct mRNA populations for specific processing revealing a new step in gene expression. We denote this mRNA specification of cap-chaperones (SOCCS). We uncovered multiple molecular mechanisms that contribute to SOCCS: distinct spatial localization of eIF4E and NCBP2 within the nucleus, identification of sequence motifs within targeted mRNAs segregated by eIF4E or NCBP2 sensitivity, distinct protein partners for these cap-chaperones and differential impacts on the production of key spliceosome components e.g. U2AF1, PRP31, SF3B1 and SNRNP200 indicative of distinct transcriptomic landscapes produced by eIF4E or NCBP2 overexpression. In all, the realization that multiple cap-binding proteins coexist in the nucleus led us to identify an unexpected gene-expression regulatory point which engaged distinct biological programmes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».