A cryptic START domain regulates deeply conserved transcription factors
Notice bibliographique
Résumé
Transcription factors (TFs) integrate a diverse array of inputs to achieve the exquisite control of gene expression necessary for life. In plants, this is exemplified by the deeply conserved CLASS III HOMEODOMAIN LEUCINE ZIPPER (HD-ZIPIII) family of TFs. HD-ZIPIII activity is controlled by inputs at transcriptional, post-transcriptional, and post-translational levels. As part of their multidomain architecture, HD-ZIPIII TFs contain a StAR-related lipid transfer (START) domain, a ubiquitously distributed evolutionary module that binds various types of lipophilic ligands. Here, we show that HD-ZIPIII and HD-ZIPIV proteins contain a cryptic, deeply conserved START domain which we term the disorder-containing START domain (dSTART). The dSTART domain is required for HD-ZIPIII developmental function, controlling their subcellular localization and DNA-binding properties. The dSTART domain also helps discriminate responsive from non-responsive binding sites across the HD-ZIPIII shared genetic network. Finally, we identify candidate ligands of the dSTART domain including several species of phosphatidylglycerol and phosphatidic acid. The identification and functional characterization of a cryptic START domain provides new mechanistic insights into a deeply conserved family of TFs with roles in nearly all aspects of plant development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».