Simultaneous urogenital infection with novel upsilonpapillomaviruses and varicellovirus monodontidalpha1 in beluga whales Delphinapterus leucas from Bristol Bay, Alaska, USA
Notice bibliographique
Résumé
Understanding the role of environmental factors such as pollution and infectious diseases on the health and well-being of free-ranging beluga whales Delphinapterus leucas is essential for their conservation. As part of this effort, 2 novel papillomaviruses (PVs) were identified in urogenital swabs of 2 free-ranging female beluga whales in Bristol Bay, Alaska, USA. Their genomes were 7825 and 7713 nucleotides (nt) in length with 84.6% nt and 82.5% amino acid identities for the L1 gene, generally used for classifying papillomaviruses. Both PV genomes contained an early region of E6, E1, E2 and E4 genes, a late region containing L2 and L1 genes, and a non-coding regulatory region. The carboxy end of the E6 oncoprotein of both PVs did not contain the PDZ-binding motif, known to have a strong correlation with oncogenicity. BLAST NCBI nt analyses of the L1 gene of 1 PV revealed highest identity (91.2%) with a PV of a short-beaked common dolphin Delphinus delphis, while the other PV showed highest identity (85.5%) with a PV from a Yangtze River finless porpoise Neophocaena asiaeorientalis. The PVs identified in this study share the highest identity with PV members of the genus Upsilonpapillomavirus, subfamily Firstpapillomavirinae, family Papillomaviridae. Also, 2 herpesviruses were isolated in primary beluga whale kidney cell cultures and identified by sequencing the glycoprotein B and E genes. Both herpesviruses corresponded to the species Varicellovirus monodontidalpha1. Our findings confirm the necessity to expand studies on the occurrence, dissemination and virus diversity that may be adversely affecting the well-being and preservation of beluga whales in Alaska.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».