All roads lead to Rome: QTL analysis for vernalization requirement and dissection of allelic variation uncovered unexpected diversity of FLC loci in Camelina sativa
Notice bibliographique
Résumé
Winter camelina (Camelina sativa) is a climate-resilient oilseed crop that has received attention as a feedstock crop for advanced, low-carbon-intensity biofuels. Breeding programs working on winter camelina improvement have to contend with heterogeneous germplasm, oftentimes erroneously identified as winter biotypes, and a gene pool that is much smaller than that of spring-type camelina, the latter having motivated crosses between winter and spring biotypes. For the unequivocal differentiation of winter from spring types at an early stage, breeders require a tool to track the vernalization requirement trait in segregating breeding populations as well as in putative winter cultivars, breeding lines, and accessions to be used as parental lines. Linkage mapping in a winter (‘Joelle’) × spring (‘SES0787LS’) C. sativa biparental F2 population identified two major quantitative trait loci (QTLs) for vernalization requirement on chromosomes 8 and 13. Both regions contained orthologs of Flowering Locus C (FLC), a gene known to have a significant effect on flowering time and vernalization requirement in plants. Based on the FLC gene sequences, allele-specific PCR-based markers were developed, suitable for the routine screening of C. sativa germplasm for the presence of the winter and spring alleles of all three C. sativa FLC orthologs, including a chromosome 20 locus. The analysis of the winter cultivar ‘Joelle’ and a diverse C. sativa germplasm panel uncovered greater than expected variability for the FLC alleles, with most lines possessing several different allele combinations and still undergoing genetic segregation. Contrary to previous reports, spring camelina lines can carry the spring and/or winter alleles of Csa.FLC.C20, indicating that this gene by itself only plays a subordinate role in the regulation of flowering and vernalization requirement. In winter C. sativa germplasm, combinations of Csa.FLC.C08 winter alleles with the winter alleles of one or both of Csa.FLC.C13 and Csa.FLC.C20 result in vernalization requirement, while winter Csa.FLC.C08 by itself leads to a semi-winter type. The results of this study and the tools developed herein are a first step to orchestrating the genes underlying vernalization requirement in C. sativa and developing winter camelina cultivars optimized for different winter environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».