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Enregistrement W4412935165 · doi:10.1038/s42003-025-08412-1

fNIRS reproducibility varies with data quality, analysis pipelines, and researcher experience

2025· article· en· W4412935165 sur OpenAlexaff
Meryem A. Yücel, Robert Luke, Rickson C. Mesquita, Alexander von Lühmann, David M. A. Mehler, Michael Lührs, Jessica Gemignani, Androu Abdalmalak, Franziska Albrecht, Iara de Almeida Ivo, Christina Artemenko, Kira Ashton, Paweł Augustynowicz, Aahana Bajracharya, Élise Bannier, Beatrix Barth, Laurie Bayet, Jacqueline Behrendt, Hadi Borjkhani, Lenaic Borot, Jordan A. Borrell, Sabrina Brigadoi, Kolby Brink, Chiara Bulgarelli, Emmanuel Caruyer, Hsin‐Chin Chen, Christopher Copeland, Isabelle Corouge, Simone Cutini, Renata Di Lorenzo, Thomas Dresler, Adam T. Eggebrecht, Ann‐Christine Ehlis, Sinem Burcu Erdoğan, Daniëlle Evenblij, Talukdar Raian Ferdous, Victoria Fracalossi, Erika Franzén, Anne Gallagher, Christian Gerloff, Judit Gervain, Noy Goldhamer, Louisa K. Gossé, Ségolène M. R. Guérin, Edgar Guevara, S. M. Hadi Hosseini, Hamish Innes-Brown, Isabell Int-Veen, Sagi Jaffe‐Dax, Nolwenn Jégou, Hiroshi Kawaguchi, Caroline Kelsey, M. Kent, Roman Kessler, Nadeen Kherbawy, Franziska Klein, Nofar Kochavi, Matthew Kolisnyk, Yogev Koren, Agnes Kroczek, Alexander Kvist, Chen-Hao P. Lin, Andreas Löw, Siying Luan, Darren Mao, Giovani Grisotti Martins, Eike Middell, Samuel Montero‐Hernández, Murat Can Mutlu, Sergio L. Novi, Natacha Paquette, Ishara Paranawithana, Yisrael Parmet, Jonathan E. Peelle, Ke Peng, Tommy Peng, João Pereira, Paola Pinti, Luca Pollonini, Ali Rahimpour Jounghani, Vanessa Reindl, Wiebke Ringels, Betti Schopp, Alina Schulte, Martin Schulte‐Rüther, Ari Segel, Tirdad Seifi, Maureen J. Shader, Hadas Shavit, Arefeh Sherafati, Mojtaba Soltanlou, Bettina Sorger, Emma Speh, Kevin Stubbs, Katharina Stute, Eileen Sullivan, Sungho Tak, Zeus Tipado, Julie Tremblay, Homa Vahidi, Maaike Van Eeckhoutte, Phetsamone Vannasing, Grégoire Vergotte, Marion Vincent, Eileen Oberwelland Weiß, Dalin Yang, Gülnaz Yükselen, Dariusz Zapała, Vit Zemanek

Notice bibliographique

RevueCommunications Biology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueOptical Imaging and Spectroscopy Techniques
Établissements canadiensLondon Health Sciences CentreUniversité de MontréalUniversity of ManitobaWestern University
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institutes of HealthNorrbacka-EugeniastiftelsenMinistero dell'Università e della RicercaKarolinska InstitutetNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekAustralian GovernmentMinistero della SaluteNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringLeverhulme TrustConseil Régional de BretagneGarnett Passe and Rodney Williams Memorial FoundationFundação para a Ciência e a TecnologiaFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloBundesministerium für Bildung und ForschungHORIZON EUROPE European Innovation CouncilNational Institute on Deafness and Other Communication DisordersNational Alliance for Research on Schizophrenia and DepressionNational Science Foundation
Mots-clésTransparency (behavior)ReproducibilityReliability (semiconductor)Quality (philosophy)Data qualityComputer scienceData scienceStatisticsEngineeringMathematicsOperations management

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

As data analysis pipelines grow more complex in brain imaging research, understanding how methodological choices affect results is essential for ensuring reproducibility and transparency. This is especially relevant for functional Near-Infrared Spectroscopy (fNIRS), a rapidly growing technique for assessing brain function in naturalistic settings and across the lifespan, yet one that still lacks standardized analysis approaches. In the fNIRS Reproducibility Study Hub (FRESH) initiative, we asked 38 research teams worldwide to independently analyze the same two fNIRS datasets. Despite using different pipelines, nearly 80% of teams agreed on group-level results, particularly when hypotheses were strongly supported by literature. Teams with higher self-reported analysis confidence, which correlated with years of fNIRS experience, showed greater agreement. At the individual level, agreement was lower but improved with better data quality. The main sources of variability were related to how poor-quality data were handled, how responses were modeled, and how statistical analyses were conducted. These findings suggest that while flexible analytical tools are valuable, clearer methodological and reporting standards could greatly enhance reproducibility. By identifying key drivers of variability, this study highlights current challenges and offers direction for improving transparency and reliability in fNIRS research.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,375
Score d'incertitude au seuil0,562

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,002
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,219
Tête enseignante GPT0,539
Écart entre enseignants0,320 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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