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Enregistrement W4412940493 · doi:10.1136/jmg-2025-110783

Refined genotype–phenotype correlations in neurofibromatosis type 1 patients with <i>NF1</i> point variants

2025· article· en· W4412940493 sur OpenAlexaff
Laurence Pacot, Marinus J. Blok, Dominique Vidaud, L. Fertitta, Ingrid Laurendeau, Audrey Coustier, Théodora Maillard, Cécile Barbance, Djihad Hadjadj, Manuela Ye, Dominique Lallemand, S. Ferkal, Benoît Funalot, Ariane Lunati, Bérénice Hebrard, Rakia Bhouri, Liesbeth Spruijt, D. Bessis, David Geneviève, Vivian Vernimmen, Martinus P. G. Broen, Sabine Sigaudy, Sylvie Odent, Léna Damaj, Chloé Quēlin, Laurent Pasquier, Valérie Layet, Brigitte Gilbert‐Dussardier, Gaël Nicolas, Anne‐Marie Guerrot, Bruno Leheup, A.‐C. Bursztejn, Florence Petit, Odile Boute‐Bénéjean, Yline Capri, Anne Guimier, Stanislas Lyonnet, Geneviève Baujat, E. Bourrat, Bertrand Isidor, Mathilde Nizon, S. Barbarot, Annick Toutain, Sophie Blesson, Julien Van‐Gils, Fanny Morice‐Picard, Séverine Audebert‐Bellanger, J. Mazereeuw‐Hautier, Alban Ziegler, Yves Alembik, Juliette Piard, Elise Brischoux‐Boucher, Léa Guerrini‐Rousseau, J. Morera, Véronique Paquis‐Flucklinger, Bruno Delobel, Jean‐Luc Alessandri, Béatrice Parfait, P. Wolkenstein, Éric Pasmant

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeurofibromatosis and Schwannoma Cases
Établissements canadiensHotel Dieu Hospital
Organismes subventionnairesZonMwAgence Nationale de la Recherche
Mots-clésMissense mutationNeurofibromin 1NeurofibromatosisPenetranceGeneticsGenotypePhenotypeBiologyNeurofibromatosis type IPoint mutationGeneMutation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background Neurofibromatosis type 1 (NF1) is one of the most frequent genetic disorders. NF1 is caused by dominant loss-of-function pathogenic variants (PVs) of the tumour-suppressor gene NF1 , which encodes neurofibromin, a negative regulator of rat sarcoma proteins. NF1 is an autosomal dominant disorder with complete penetrance, but a highly variable expression. Identification of genotype–phenotype correlations is challenging because of the wide clinical variability, the progressive nature of the disorder and the extreme diversity of the mutation spectrum. Only a few NF1 point variants have been associated with a specific phenotype in NF1 patients. Methods We investigated a large, well-phenotyped NF1 cohort. Results We report analyses of genotype-phenotype correlations in 112 NF1 patients with specific NF1 point variants: p.Arg1809 missense variants were associated with a mild form of NF1 (n=24), while a more severe phenotype was associated with codons 844–848 (n=27), p.Arg1276 (n=25) and p.Lys1423 (n=35) missense variants. We describe a new correlation for p.Arg1204 missense variants (n=11), with no neurofibroma observed in patients. Functional studies will be critical for drawing conclusions on the potential hypomorphic or dominant-negative effects of these variants. Conclusion The current data confirms several genotype-phenotype correlations in NF1, which may be relevant to the management and surveillance of NF1 patients with specific NF1 PVs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,039
Score d'incertitude au seuil0,454

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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