Evaluation of the NG-Test® CTX-M MULTI lateral flow immunoassay and genomic discovery of a blaCTX-M-27 variant with a premature stop codon
Notice bibliographique
Résumé
Timely identification of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing bacteria supports early antimicrobial optimization, especially for patients with invasive infections. NG-Test® CTX-M MULTI (CTX-M LFA) is a rapid immunochromatographic assay for detection of Cefotaximase-Munich (CTX-M)-type ESBL. We evaluated its performance against existing molecular platforms. A sampling of archived Gram-negative bacteria (including Enterobacterales and non-fermenters) was included in the study. All isolates underwent testing for CTX-M ESBL by CTX-M LFA. CTX-M LFA results were compared to results from molecular methods, laboratory-developed (LD)-PCR (2013-2019) or BCID2 (2022-2023). Discordances were resolved with a combination of ESBL phenotypic testing and an alternative PCR platform, or whole-genome sequencing. Seventy-eight isolates were included in the study, all of which underwent CTX-M LFA and molecular testing ( n = 47 by LD-PCR, n = 31 by BCID2). Post-discordance analysis showed positive percent agreement of 89.7 % (95 %CI 71.5-97.2 %), negative percent agreement 100 % (95 %CI 90.9-100 %) and overall categorical agreement 96.2 %, κ=0.92 (95 %CI 88.4-99.0 %). One E. coli was negative by CTX-M LFA but positive for bla CTX-M by BCID2. Whole-genome sequencing identified a non-functional bla CTX-M-27 gene with adenine insertion at position 70 in codon 24, causing a frameshift mutation resulting in a premature stop codon (codon 58). CTX-M LFA improved performance in comparison with molecular methods by accurately identifying an isolate with a prematurely truncated protein as a true-negative for CTX-M. This highlights potential limitations of molecular-based resistance detection. CTX-M LFA was simple to perform and yielded results within 15 minutes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».