Investigating in-hospital transmission of <i>Clostridioides difficile</i> from asymptomatic patients
Notice bibliographique
Résumé
Background: Clostridioides difficile is a bacillus that can colonize the intestinal tract. C. difficile infection (CDI) is a common, health care–associated disease often coinciding with antibiotic use, with presentation ranging from diarrhea to toxic megacolon and death. However, individuals can carry the pathogen without exhibiting symptoms of disease. C. difficile carriers may serve as an important reservoir for in-hospital transmission of C. difficile. The objective of this study was to assess the role asymptomatic C. difficile carriers may play in pathogen transmission. Methods: In this retrospective cohort study, rectal swabs collected to test for antimicrobial-resistant organisms either upon admission or during the hospital stay were used to test for asymptomatic C. difficile carriage using molecular testing, with positive samples cultured and subsequently sequenced. Sampling occurred across three tertiary care hospitals with predominantly multi-bedded rooms. A whole-genome single-nucleotide variant phylogenetic tree was then constructed and closely related samples from patients that had spatial and temporal in-hospital overlap were identified as putative transmission events. Results: Approximately 11% of the 1,467 patients tested were carriers of C. difficile. Seventy-four of the carriers were culture-positive, of which 43 had a suitable sequence for typing. Of the sequenced samples, 40% were identified as belonging to a potential transmission event. Six different potential transmission groups were identified, with the largest putative transmission group spanning two hospitals and 6 months. Conclusions: Our results suggest that asymptomatic transmission in hospital settings may be much more common than previously thought, with asymptomatic individuals colonized with C. difficile providing a sizable source of transmission of the pathogen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».