Genetic characterization of preschool wheeze phenotypes
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Preschool wheeze is a heterogenous and poorly understood clinical syndrome. As a result, current treatments are insufficient, and prevention is not possible. OBJECTIVE: We sought to increase understanding of the genetic susceptibility and underlying disease mechanisms of wheeze phenotypes in early childhood through large-scale genome-wide association study analyses. METHODS: We performed meta-analyses of genome-wide association study on early-onset wheeze, defined as recurrent wheeze or asthma in the first 3 years of life, and its subtypes, including early transient and persistent wheeze, defined by asthma/wheeze at age 3 and subsequent remission or persistence at age 6, respectively. The discovery analyses included data on more than 13,000 children from 15 cohorts; replication was sought through meta-analyses of data from 7 additional cohorts including up to 5000 children. Genetic variants associated with asthma-related traits in adulthood (adult asthma, atopy, eosinophils, and lung function) were used to quantify the degree to which genetic risk influencing asthma-related adult traits also influences genetic risk of preschool wheeze. RESULTS: Variants near the GSDMB gene in the 17q region showed genome-wide significant association with early-onset wheeze (rs2305480; odds ratio [95% confidence interval] = 1.26 [1.17-1.33], P = 2.30E-16) and persistent wheeze (rs11078926; 1.43 [1.30-1.578], P = 2.14E-11), but not with early transient wheeze (rs1054609; 1.08 [0.98-1.18], P = .094). Other known asthma loci were associated with early-onset wheeze, particularly CDHR3. Additionally, increased genetic risk to early-onset wheeze was associated with genetic risk for asthma at older ages, atopy, eosinophil count, and lower adult lung function. This was driven by persistent wheeze, whereas transient early wheeze was only associated with low lung function. CONCLUSIONS: Preschool wheeze phenotypes displayed distinct patterns of single nucleotide polymorphism associations and genetic enrichment with asthma-related traits. These results indicate distinct etiologies of wheeze phenotypes, which could inform studies in optimization of prevention and treatment strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».