Genetic characterization of CTX-M-55-producing <i>Escherichia coli</i> isolated from commercial farms by integrated broiler chicken operations in Korea
Notice bibliographique
Résumé
Recently, the occurrence of β-lactamase CTX-M-55-harboring Escherichia coli has been rapidly increasing in poultry worldwide, including Korea. In this study, three CTX-M variants were identified within 466 β-lactam-resistant E. coli isolated from fecal and dust samples of 74 commercial farms, with CTX-M-55 (28.4%) having the highest prevalence in all operations. Among the 28 CTX-M-55-producing E. coli isolates, ST3285 (28.6%) and group B1 (60.7%) were the most prevalent sequence type (ST) and phylogenetic group, respectively. All CTX-M-55 producing E. coli isolates were resistant to ampicillin, and showed very high minimum inhibitory concentrations of ≥512 to cefazolin, the first-generation cephalosporins, and to cefotaxime and ceftiofur, which are third-generation cephalosporins, respectively. Moreover, 27 (96.4%) CTX-M-55-producing E. coli isolates showed multidrug resistance against four or more antimicrobial classes. The most common plasmid replicon type was the combination of FII and FIB (67.9%). Also, 10 (35.7%) CTX-M-55-producing E. coli isolates harbored other β-lactamase genes simultaneously, and 12 (42.9%) isolates were identified as avian pathogenic E. coli. This study suggests that comprehensive surveillance and continuous monitoring are necessary to prevent the spread of CTX-M-55-producing E. coli in the poultry industry , which poses a threat to public health.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».