Combining Object Detection, Super-Resolution GANs and Transformers to Facilitate Tick Identification Workflow from Crowdsourced Images on the eTick Platform
Notice bibliographique
Résumé
Ongoing changes in the distribution and abundance of several tick species of medical relevance in Canada have prompted the development of the eTick platform—an image-based crowd-sourcing public surveillance tool for Canada enabling rapid tick species identification by trained personnel, and public health guidance based on tick species and province of residence of the submitter. Considering that more than 100,000 images from over 73,500 identified records representing 25 tick species have been submitted to eTick since the public launch in 2018, a partial automation of the image processing workflow could save substantial human resources, especially as submission numbers have been steadily increasing since 2021. In this study, we evaluate an end-to-end artificial intelligence (AI) pipeline to support tick identification from eTick user-submitted images, characterized by heterogeneous quality and uncontrolled acquisition conditions. Our framework integrates (i) tick localization using a fine-tuned YOLOv7 object detection model, (ii) resolution enhancement of cropped images via super-resolution Generative Adversarial Networks (RealESRGAN and SwinIR), and (iii) image classification using deep convolutional (ResNet-50) and transformer-based (ViT) architectures across three datasets (12, 6, and 3 classes) of decreasing granularities in terms of taxonomic resolution, tick life stage, and specimen viewing angle. ViT consistently outperformed ResNet-50, especially in complex classification settings. The configuration yielding the best performance—relying on object detection without incorporating super-resolution—achieved a macro-averaged F1-score exceeding 86% in the 3-class model (Dermacentor sp., other species, bad images), with minimal critical misclassifications (0.7% of “other species” misclassified as Dermacentor). Given that Dermacentor ticks represent more than 60% of tick volume submitted on the eTick platform, the integration of a low granularity model in the processing workflow could save significant time while maintaining very high standards of identification accuracy. Our findings highlight the potential of combining modern AI methods to facilitate efficient and accurate tick image processing in community science platforms, while emphasizing the need to adapt model complexity and class resolution to task-specific constraints.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».