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Enregistrement W4413018883 · doi:10.1371/journal.pbio.3003292

Streptomyces venezuelae uses secreted chitinases and a designated ABC transporter to support the competitive saprophytic catabolism of chitin

2025· article· en· W4413018883 sur OpenAlexafffund
Anne van der Meij, Hannah Tyrrell, Dustin Sokolowski, E Shepherdson, Marie A. Elliot, Justin R. Nodwell

Notice bibliographique

RevuePLoS Biology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueStudies on Chitinases and Chitosanases
Établissements canadiensMcMaster UniversityOntario Institute for Cancer ResearchUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek
Mots-clésChitinBiologyChitobioseBiochemistryMicroorganismSecondary metabolismBacteriaBiosynthesisEnzymeChitosanGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

More than a billion tons of chitin are produced on earth each year. Chitin is rich in nitrogen and carbon, making it a valuable resource in competitive microbial ecosystems. However, almost all chitin is found in large, insoluble structures like insect and crustacean exoskeletons. For this material to enter a microorganism's primary metabolism, it must be degraded extracellularly through a saprophytic process. The extracellular nature of this process means that liberated oligomers may also become accessible to other microorganisms. How microbes navigate this challenge in terrestrial ecosystems remains largely unclear. Here, we show that Streptomyces venezuelae thrives on raw, insoluble chitin as its sole carbon and nitrogen source, outperforming glucose in metabolic activity and sporulation. This was facilitated by a chitinolytic system encompassing up to 10 chitinases and the DasABC chitobiose importer. While deleting some chitinases affected growth on chitin, others did not, implying some degree of functional redundancy. A dasBC null mutation conferred a severe growth defect suggesting that chitobiose is a key breakdown product during chitin-based metabolism in S. venezuelae. The DasABC transporter also played a crucial role in preventing the built-up of chitobiose extracellularly, thereby restricting its access to Bacillus subtilis in co-cultures. Given the global ubiquity of Streptomyces in soil, this pathway likely plays a significant role in soil ecology as well as carbon and nitrogen turnover on a global scale.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,068
Score d'incertitude au seuil0,639

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,261
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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