Organellar Genomes of Three Globally Important Nanoplanktonic Diatoms Refine Their Taxon‐Specific Distribution and Succession Patterns in the Northwest Atlantic
Notice bibliographique
Résumé
Nanoplanktonic diatoms (2-20 μm) are a significant yet historically understudied component of marine ecosystems. We investigated three recently isolated nanoplanktonic diatoms from the Northwest Atlantic Ocean (NWA): Minidiscus spinulatus, Mediolabrus comicus, and Minidiscus trioculatus. Using Oxford Nanopore sequencing, we assembled and annotated their complete chloroplast and mitochondrial genomes. Pangenome analyses revealed that Minidiscus species consistently clustered more closely with select Thalassiosira species, whereas M. comicus formed a sister clade with Skeletonema. Circularized chloroplast genomes allowed us to characterize the full-length 16S ribosomal RNAs for each isolate, thereby leading to higher resolution of these taxa in preexisting 16S metabarcoding data. During our study, M. spinulatus was primarily restricted to the Bedford Basin. In contrast, both M. trioculatus and M. comicus had larger geographic ranges extending to the Labrador Sea, and in the case of M. comicus, to the Canadian Arctic Gateway. Weekly metabarcoding from the coastal Bedford Basin, N.S., Canada (2014-2022), revealed a seasonal succession of nanoplanktonic taxa, with Minidiscus trioculatus dominating in the early months, followed by M. comicus and M. spinulatus. Our results highlight the critical value of phytoplankton isolations and organelle genomics for expanding our understanding of the diversity and biogeography of nanoplanktonic diatoms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».