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Enregistrement W4413034875 · doi:10.1101/2025.08.06.668955

High-Affinity, Structure-Validated and Selective Macrocyclic Peptide Tools for Chemical Biology Studies of Huntingtin

2025· preprint· en· W4413034875 sur OpenAlexafffund
Esther Wolf, Rebeka Fanti, Tatsuya Ikenoue, Justin C. Deme, Swati Balakrishnan, Brandon A. Keith, Matthew G. Alteen, Renu Chandrasekaran, Manisha Yadav, Ritika Bhajiawala, Suzanne Ackloo, Feng Jia, Mahmoud A. Pouladi, A.M. Edwards, Derek J. Wilson, Susan M. Lea, Hiroaki Suga, Rachel Harding

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueGenetic Neurodegenerative Diseases
Établissements canadiensStructural Genomics ConsortiumYork UniversityBC Children's HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchGenentechJapan Society for the Promotion of ScienceScheme for Promotion of Academic and Research CollaborationConnaught FundOntario Genomics InstituteEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsMerck KGaAMitacsOntario GenomicsGenome CanadaMassachusetts General HospitalMcGill UniversityBayerHospital for Sick ChildrenPfizerBristol-Myers Squibb
Mots-clésHuntingtinPeptideComputational biologyChemical biologyChemistryBiologyCombinatorial chemistryNanotechnologyBiophysicsBiochemistryMaterials scienceGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Huntington’s disease (HD) is a fatal neurodegenerative disorder caused by a CAG repeat expansion in the Huntingtin ( HTT ) gene, with no disease-modifying therapies currently available. The precise molecular function of the HTT protein is unclear, and the lack of selective chemical tools has limited functional studies. We have identified and characterized macrocyclic peptide binders targeting HTT. These binders exhibit low-nanomolar affinity in vitro and engage distinct HTT and HTT-HAP40 interfaces, as revealed by hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry and cryo-electron microscopy. Chemoproteomics confirmed selective binding in cell extracts from wildtype but not HTT-null cell lines. HAP40 consistently and stoichiometrically co-purified with HTT across cell lines, including with HTT variants containing different CAG repeat lengths, highlighting the broad presence of the HTT-HAP40 complex. Significance Statement Huntingtin (HTT) is a large, essential protein with conserved roles in development, intracellular trafficking, and protein homeostasis, yet its precise molecular functions remain incompletely defined. Here, we report the first high-affinity, selective, and structurally validated macrocyclic peptide ligands for HTT. These chemical tools bind HTT and its complex with HAP40 across polyglutamine repeat lengths, enabling direct interrogation of HTT structure and function in health and disease contexts. By overcoming longstanding barriers to studying HTT at the molecular level, these ligands open new avenues for discovery in neurobiology, cell biology, and offer opportunities for therapeutic development. This study delivers urgently needed tools to both the Huntington’s disease field and the broader scientific community seeking to understand this elusive and biologically fundamental protein.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,039
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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