Characterization of Redundant Vibrio cholerae Riboflavin Biosynthetic Pathway Genes
Notice bibliographique
Résumé
Bacteria often possess elaborate riboflavin provision pathways with puzzling roles in physiology. Vibrio cholerae has a riboflavin biosynthetic pathway (RBP) with putative genetic redundancy. Particularly, this species contains a putative ribBX (originally annotated as ribBA) fusion gene on its main RBP operon in addition to monocistronic ribB and ribA genes. In this study, sequence analysis and heterologous complementation experiments were performed to evaluate the functions of RibBX, RibB and RibA of the RBP of V. cholerae. The results indicate that the RibB dihydroxy-butanone phosphate synthase function is provided by both the RibBX hybrid and the orphan RibB. RibBX homologs have been described in other members of the proteobacteria. These proteins conserve RibB activity, but the exact function of the RibX domain remains unelucidated. Here, structural comparisons of the RibB and RibX domains of RibBX homologs in proteobacteria evidenced structural variation in the RibX domain across bacteria, suggesting differential functions. Moreover, this analysis identified the carriage of one extra domain putatively involved in genetic regulation in a group of orthologs within the Neisseriaceae family. Together, the results show that in V. cholerae, RibB activity is provided by the presence of monofunctional RibB and a RibBX hybrid. Notably, the function of the RibX domains fused to RibB may vary across bacteria and some hybrids include yet extra functional domains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».