Characterization of Phyllobacterium spp. isolated from root nodules of Melilotus albus (white sweet clover) grown in Canada and description of Phyllobacterium meliloti sp. nov.
Notice bibliographique
Résumé
Two novel bacterial strains isolated from root nodules of white sweet clover ( Melilotus albus ) plants grown at a Canadian site were previously characterized and placed in the genus Phyllobacterium . Here, we present phylogenomic and phenotypic data to support the description of strain T1293 T as representative of a novel species and present the first complete closed genome sequence of a bacterial strain (T1018) representing the species ‘ Phyllobacterium pellucidum ’. Phylogenetic analysis of genome sequences, as well as analysis of 53 core genes, placed novel strain T1293 T in a highly supported cluster of strains distinct from named Phyllobacterium species with Phyllobacterium myrsinacearum and Phyllobacterium calauticae as closest relatives. The highest average nucleotide identity and digital DNA–DNA hybridization values of genome sequences of T1293 T compared to closest species type strains (84.1 and 26.5%, respectively) are well below the threshold values for bacterial species circumscription. The genome of strain T1293 T has a size of 5,074,034 bp with a DNA G+C content of 55.1 mol% and possesses three plasmids with sizes of 397,619 bp, 476,847 bp and 519,835 bp. Detected in the genome were type III and type VI secretion system genes, implicated in plant–microbe and microbe–microbe interactions, but key nodulation, nitrogen-fixation and photosystem genes were not detected. A novel prophage (size ~41.5 kb) was also detected in the genome of T1293 T . Tests using defined culture media revealed that novel strains T1293 T and T1018 were highly resistant to, and able to metabolize glyphosate, a widely used herbicide that has negative consequences for the environment and human health. Data for multiple morphological, physiological, biochemical and plant tests complemented the sequence-based data. The data presented support the description of a new species, and the name Phyllobacterium meliloti sp. nov. is proposed with T1293 T =LMG 32641 T =HAMBI 3765 T as the species type strain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».