Neighborhood clustering analysis to define epithelial–stromal interface for tumor infiltrating lymphocyte evaluation
Notice bibliographique
Résumé
Evaluation of tumor infiltrating lymphocytes as recommended by current guidelines is largely based on stromal regions within the tumor. In the context of epithelial malignancies, the epithelial region and the epithelial-stromal interface are not assessed, because of technical difficulties in manually discerning lymphocytes when admixed with epithelial tumor cells. The inability to quantify immune cells in epithelial-associated areas may negatively impact evaluation of patient response to immune checkpoint therapies. Innovative spatial analysis techniques have emerged that can directly address challenges associated with quantification of lymphocytes in specialized regions like the interface. In this study, we apply supervised neighborhood clustering analysis (via an open-source application CytoMAP) to assess the spatial distribution of CD8+ T cells, CD8+ TIM3+ (T cell immunoglobulin and mucin-domain containing-3) exhausted T cells, and TIM3+ CD8- macrophages on a gynecological tumor microarray. Neighborhood clustering analysis is adept at objectively mapping the epithelial-stromal interface alongside the epithelial and stromal region of each tumor under a three-compartment model. When tumors are partitioned by the conventional two-compartment model (epithelial and stromal region only), the highest density of total CD8+ T cells is found in the stromal region in a slight majority of tumors. In contrast, the interface region surpasses both the epithelial and stromal region in holding the highest density of CD8+ T cells when this unique region is incorporated into the three-compartment model. Further subset analysis shows higher proportion of CD8+ TIM3+ exhausted T cells within the interface and epithelial region, as compared to CD8+ TIM3- T cells which span from the stroma to the interface. These results highlight the utility of implementing quantitative spatial technique and immune subset analysis in the assessment of tumor infiltrating lymphocytes, and underscore the potential significance of the under-reported tumor epithelial-stromal interface.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».