Molecular modeling of the methylene blue interaction with the SARS-CoV-2 coronavirus viroporin
Notice bibliographique
Résumé
Viroporins are small membrane proteins of enveloped viruses. They play an important role both in the life cycle of the virus and in the development of disease pathogenesis. In this regard, inhibition of viroporins is considered a promising strategy in the treatment of many diseases caused by enveloped viruses, such as coronavirus, herpes virus, human immunodeficiency virus, Ebola virus and many others. An important step in the search for highly effective inhibitors of such channels is the study of the interaction of potential antiviral drugs with the amino acid residues of the viroporin channel. In turn, methylene blue is a well-known effective antiviral agent and is widely used in medical practice. In this work, we carried out molecular dynamic calculations of the interaction of methylene blue with the viroporin channel of the SARS-CoV-2 coronavirus using the umbrella sampling method. Analysis of the contacts formed between the methylene blue molecule and the amino acid residues of viroporin showed that the key role in binding is played by non-covalent stacking interactions between the system of aromatic rings of methylene blue and the phenylalanine residues located in the center of the viroporin channel. The results obtained bring us closer to understanding the mechanisms of the antiviral action of methylene blue. Conducting such computational experiments seems to be an effective approach in the search for viroporin inhibitors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».