<i>CFTR</i> Gene Regulation in Human Pancreatic Duct, Bile Duct and Sweat Gland Epithelial Cells
Notice bibliographique
Résumé
Epithelial cells at many sites in the body are affected by the inherited disorder cystic fibrosis (CF). The lung was the major focus of research until recently, when effective therapeutics became available for most people with CF. There is now renewed interest in CF aetiology in other locations in the body, where the regulatory mechanisms for the CF transmembrane conductance regulator (CFTR) gene are less well-characterised. The definition of the genomic elements controlling CFTR expression and their associated transcription factors is important for the design of gene-based therapies. Here we identify the cis-regulatory elements (CREs) associated with the CFTR locus by open chromatin mapping in pancreatic adenocarcinoma cell lines, primary human pancreatic and bile duct (cholangiocyte) organoids and single cells from tissues, as well as sweat gland coil and duct epithelial cells. We show that broadly these cell types use a combination of CREs that were characterised previously either in airway or intestinal epithelial cells, though not occurring together in these two cell lineages. Moreover, the chromatin structure of the CFTR locus in pancreatic cell lines is consistent with earlier models. We also use bioinformatic tools to predict the transcription factor network in these rare cell lineages from open chromatin peaks genome-wide.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».