Stachydrine Catabolism Contributes to an Optimal Root Nodule Symbiosis Between <i>Sinorhizobium meliloti</i> and <i>Medicago sativa</i>
Notice bibliographique
Résumé
Sinorhizobium meliloti forms a robust N 2 -fixing root-nodule symbiosis with Medicago sativa. We are interested in identifying the minimal symbiotic genome of the model strain S. meliloti Rm1021. This gene set refers to the minimal genetic determinants required to form a robust N 2 -fixing symbiosis. Many symbiotic genes are located on the 1,354-kb pSymA megaplasmid of S. meliloti Rm1021. We recently constructed a minimalized pSymA, minSymA2.1, that lacked over 90% of the pSymA genes. Relative to the wild type, minSymA2.1 showed a reduction in M. sativa shoot biomass production and nodule size with an increase in total nodule number. Here, we show that the addition of either the stachydrine ( stc) or trigonelline ( trc) catabolism genes from pSymA to minSymA2.1 restores nodule size and total nodule number to levels indistinguishable from the wild type but does not restore reduced shoot biomass production. In the context of the complete Rm1021 genome, removing the stc genes reduced the nodule size and increased the total nodule number, whereas removal of the trc genes alone had no apparent effect. Together, these observations implicate stachydrine catabolism as an important determinant of root nodule symbiosis between S. meliloti and M. sativa, whereas trigonelline catabolism seems to contribute in a more conditional manner, in the context of the minimized genome. These findings highlight the minimal symbiotic genome as a tool for investigating the impact of individual genetic determinants in conferring an optimal symbiosis, factors whose impact, in the context of a complete genome, may be hidden or dampened due to redundancies. [Formula: see text] Copyright © 2025 The Author(s). This is an open access article distributed under the CC BY-NC-ND 4.0 International license .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».