Exploring the Conformational Landscape of Complexes with Cucurbit[8]uril and Aromatic Peptide Dimers by Ion Mobility Mass Spectrometry and Theoretical Calculations
Notice bibliographique
Résumé
Precise control of peptide dimerization holds profound implications for elucidating biological functions, advancing drug design, and engineering self-assembling materials. Significant progress has been achieved in cucurbit[8]uril (CB[8])-mediated dimerization of canonical aromatic peptides (XGG, X = F (Phe)/Y (Tyr)/W (Trp), G = Gly), and further conformational exploration is crucial for the determination of potential applications. In this work, we conduct gas-phase structural characterization of complexes with CB[8] and XGG dimers by ion mobility mass spectrometry (IM-MS) and theoretical calculations, with particular attention to the dependence of the conformational landscape and noncovalent interaction (NCI). IM-MS and MS 2 experiments reveal the conformational diversity, dissociation pathways, and stability differences of the complexes of CB[8] and XGG homo/heterodimers. Theoretical calculations elucidate the topological morphologies and geometry details of complexes and categorize them into the Hourglass, Boot, and S-type conformers based on the orientation of peptide chains at the CB[8] port. Visualization of NCIs and energy decomposition analysis (EDA) reveal the intriguing trends in intermolecular interactions and energy contribution terms across conformers of distinct morphologies. Our work provides insights for guiding the design of the supramolecular junction for specific control of the peptide spatial behavior.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».